利用 Amazon Quick 变革罕见癌症研究：整合生物医学数据库以实现突破性发现

罕见癌症研究会在基因组测序流程、临床试验注册库、生物标志物存储库以及同行评议文献中产生异构数据。将这些来源整合用于单项研究，通常需要自定义 ETL 管道、手动进行模式协调，并在互不连接的系统之间反复查询——这一过程可能需要数周时间，之后才能开始任何分析。

Amazon Quick Research 通过提供统一的研究环境来应对这一整合挑战。它从多个来源摄取结构化和非结构化数据，包括 PubMed 等公开可用的生物医学数据库，并应用由大型语言模型（LLM）驱动的综合分析，生成带引用且有版本记录的研究报告。

在本文中，我们将介绍如何使用 Amazon Quick Research 为罕见癌症研究整合生物医学数据源。本演练以儿童肉瘤作为研究领域，并使用来自 PubMed 和其他开放生物医学存储库的公开可用数据集。内容涵盖端到端工作流：定义研究目标、配置数据源、审查 AI 生成的研究计划、运行研究，并使用修订和版本控制系统对结果进行迭代。

功能

Amazon Quick Research 是 Amazon Quick 中的智能体式研究工作流，用于编排多源数据检索和基于 LLM 的综合分析。其核心组件包括：

• 研究目标解析——该智能体解读自然语言研究问题，并将其拆解为结构化子主题，以便并行研究。
• 多源数据摄取——支持网络搜索（公开索引来源，包括 PubMed、ClinicalTrials.gov 和开放获取期刊）、文件上传（PDF、Word、Excel、PowerPoint）以及 Amazon Quick 资产（Spaces、仪表板、知识库和数据集）。在创建研究项目时，系统会处理并索引这些来源。
• AI 生成的研究计划——在运行之前，该智能体会生成一份结构化计划，列出其将研究的主题、每个主题将查询的来源以及分析方法。你可以在提交完整运行之前审查并修改该计划。
• 带引用的报告生成——输出为结构化报告，内嵌引用可追溯至源文档或 URL。每项陈述都包含一个来源链接，“Understand the statement”功能可展示单个结论背后的证据链。
• 版本化修订工作流——你可以为特定陈述添加修订评论（最多 400 个字符）。提交修订会启动一次新的研究运行，其范围限定于已注释的部分，版本号会递增，并保留此前版本以供比较。
• 导出格式——报告可导出为 PDF 或 Word。摘要变体（Executive、General、Custom）可让你针对不同受众定制输出长度和引用密度。

Spaces 提供了供给 Amazon Quick Research 的数据组织层。Space 是一种逻辑容器，可将最多 10,000 个文件与 Amazon Quick 仪表板、主题和知识库归组在一起。文件在上传时会被索引，并作为研究运行的检索语料库提供使用。支持的格式包括 Word、Excel、PowerPoint、PDF、CSV、TXT、RTF、JSON、YAML、XML 和 HTML。在本演示中，一个 Space 填充了公开可用的癌症基因组学数据集和 PubMed 摘要，用作内部知识语料库，并与实时网页搜索配合使用。

演练

本演练展示如何使用 Amazon Quick 集成生物医学数据源，用于罕见癌症研究。你将创建一个 Space，启动 Quick Research，并生成一份带引用的报告。

以下视频演示了这些步骤：

注意：Amazon Quick 是一项付费服务。按照本演练操作会创建可计费资源。为避免持续产生费用，请完成本文末尾的清理步骤。

先决条件

在开始本演练之前，您需要具备以下条件：

1. 一个有效的 AWS 账户。
2. 拥有 Amazon Quick 的访问权限，并具备创建 Spaces 和 Research 项目的权限。
3. 基本熟悉生物医学研究术语。

第 1 部分：创建一个空间

1. 打开 Amazon Quick，并在主导航中选择 Spaces。
2. 选择 Create space，以添加研究所需的文件。
3. 选择添加知识。
4. 从文件上传、仪表板或知识库中选择。

在页面顶部添加 Space 的名称。

确认你的 Space 显示在 Spaces 列表中，并带有绿色对勾或“就绪”状态。选择 Space 名称以验证所有上传的文件均已列出并显示“已索引”状态。

第 2 部分：创建研究项目

在 Amazon Quick 主页上，选择 Quick Research。选择 New Research，以启动一个结构化工作流，引导您从目标设定到最终报告生成。

第 3 部分：定义目标

在文本字段中输入研究目标。聚焦且具体的问题会产生更好的结果。

目标示例：

针对具有特定基因组改变的儿童肉瘤，有哪些有前景的靶向治疗方法？我们如何识别可能从这些治疗中获益的患者？

陈述你的研究目标，并明确你的调查范围。AI 代理会帮助完善你的研究问题，并根据可用数据来源建议你可能想要探索的其他角度。

第 4 部分：数据来源选择与整合

选择要纳入研究的数据来源：

• Web search——启用网络搜索，以从公开索引的来源中提取内容，例如 PubMed、ClinicalTrials.gov 和开放获取期刊。可根据需要添加特定 URL：https://rarecancer.org/publications https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ https://aacrjournals.org/ https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC10815984/ https://journals.sagepub.com/home/rtu https://www.cancer.gov/types https://www.seattlechildrens.org/research/

• 选择 File upload 以添加特定文档。将 Quick Research 关联到您现有的数据空间，以在研究中纳入内部文档、报告和知识库。在这里，您可以将外部网络来源与您组织的专有信息结合起来。

• 选择 Quick assets 以纳入数据空间、仪表板和知识库。这些是在 Quick 中组织的文件、文档和分析集合，便于快速访问和分析。

Quick Research 会自动从已连接的资料库中识别相关数据源。对于这项儿科肉瘤研究，系统会识别以下之间的关联：

• 基因组突变数据与药物靶点数据库
• 临床结局数据与治疗方案文献
• 生物标志物谱与患者反应模式
• 历史试验数据和当前治疗选择

第 5 部分：AI 驱动的计划

Quick Research 会在运行前生成结构化计划。请查看该智能体将调查的主题：

• 主题 1：儿童肉瘤的基因组指导靶向治疗——患者选择和治疗方法。
• 主题2：儿童肉瘤的基因组图谱——突变、基因融合（例如 PAX3），以及包括横纹肌肉瘤、Ewing 肉瘤和骨肉瘤在内的亚型。
• 主题3：当前 FDA 批准的靶向疗法——作用机制、疗效和基因组特征。
• 主题4：未来方向——基因编辑、细胞疗法、新型药物递送系统和临床前研究。

第6部分：修改计划（可选）并开始研究

1. 选择“修订计划”以在运行前细化范围。
2. 添加具体的重点领域，例如：添加关于特定突变和基因融合的章节；添加不同方法之间的比较分析。

当你对计划满意后，选择“开始研究”。

确认你看到进度指示器以及“研究进行中”的消息。状态应从“未开始”变为“进行中”。

第 7 部分：审查报告

Quick Research 将研究发现综合成一份结构化报告，其中包括：

• 包含关键发现和临床意义的执行摘要。
• 包含支持性数据可视化的详细分析章节。
• 关于未来研究方向的循证建议。
• 引用来源和方法学透明度。
• 临床实施的可操作后续步骤。
• 来源。

此过程大约需要 20–30 分钟才能完成。

1. 访问已完成的研究

• 在主导航中选择 Research。
• 查看你的研究项目状态。它应显示为 Complete。
• 选择你已完成的研究项目。

2. 导航研究报告

该报告以结构化格式综合了所有选定来源的信息。

• 使用左侧窗格中的“主题”选项卡在主要章节之间切换。
• 查看每个部分中的支持性证据和来源参考文献。
• 根据需要使用右上角的下载、总结和分享按钮。
• 选择阅读模式以隐藏侧边栏并专注于内容。

3. 查看引用

引用提供了对来源材料的直接访问，以便进行核实和更深入的研究。

• 请在整份报告中查找编号引用。
• 选择一个引用编号以查看来源详情。
• 请注意，弹出窗口会显示来源文章以及指向原始页面的超链接。

4. 了解陈述分析

陈述分析展示研究结论背后的推理过程，并提供分析过程的透明度。

• 查找“了解陈述”图标（三条水平线和一个加号）。
• 选择报告中任意陈述旁边的图标。
• 查看说明窗口，其中显示：该陈述是如何确定的。证据摘要。

第 8 部分：更新研究

要通过其他重点领域完善研究，请直接在报告中添加修订评论。

1. 添加修订评论

Quick Research 会在后续运行中使用你的评论进行修订。

• 在研究报告中，选择要扩展或修订的文本。
• 在右侧的 Research 窗格中，添加评论（最多 400 个字符）：需要对“具体主题领域”进行更深入的调查

2. 开始修订流程

• 选择 Revise 按钮（添加评论后该按钮可用）。
• 确认出现 Review revision started 消息。
• Quick Research 会分析现有内容并应用这些评论。

研究通常需要 20–40 分钟才能完成，修订完成后版本号会递增（例如 Version 2）。

3. 查看版本历史

版本控制为研究过程保留清晰的审计轨迹，并保存先前的迭代版本。

• 请注意，版本号已经递增。
• 比较不同版本，以了解反馈是如何被纳入的。
• 通过不同版本追踪研究的演变。

4. 使用摘要功能

不同的摘要格式服务于不同受众需求和展示场景。

• 选择右上角的“Summarize”按钮。
• 选择摘要类型：执行摘要：面向副总裁，最多 2 页，无引用。通用分享版：适合商业阅读，最多 6 页，包含必要引用。自定义摘要：定制格式，最多 5,000 个字符。

5. 下载并分享

多种下载格式支持不同使用场景，从正式演示到协作审阅。

• 使用“下载”按钮获取：用于演示的 PDF 格式。用于协作编辑的 Word 格式。
• 使用“分享”按钮将研究分发给团队成员。

清理

以下步骤将永久删除你的研究报告以及上传到 Spaces 的所有文件。如果你想保留任何研究结果或上传的数据，请在继续之前导出报告（PDF 或 Word 格式）并下载所有重要文件。

研究完成后，你可以通过以下步骤删除研究文档以及你创建的资产：

1. 删除报告：选择报告。选择操作。选择删除。
2. 删除资产：在 Amazon Quick 控制台中打开 Spaces 部分。找到要移除的空间，然后选择空间名称旁边的更多操作 (•••) 菜单。选择删除以移除该空间。

删除这些资源会停止所有相关费用。

结论

在本文中，我们展示了 Amazon Quick Research 如何将公开可用的生物医学数据库与您自己的研究语料库集成，以支持罕见癌症研究。借助 Quick Research，您的团队可以用自然语言提出跨多个数据源的复杂问题，通过 AI 驱动的分析识别细微相关性，并综合来自不同数据集的发现，以支持监管申报、资金申请和临床决策。其结果是更快的研究以及更全面、基于证据的洞察，这些洞察可以为临床决策提供依据、指导未来的研究投资，并改善罕见癌症患者的诊断结局。

要开始使用您自己的生物医学数据集：

• 访问 Amazon Quick 产品页面，开始试用并创建您的第一个研究 Space。
• 阅读 Amazon Quick Research 文档，获取详细的操作指南和最佳实践。

有疑问或想分享您的研究成功故事？请发表评论，或加入 AWS for Industries: Healthcare and Life Sciences 社区。

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